يبدأ الجزء الثاني  بانتهاء مرحلة الشك عند مصطفي محمود ورحلته إلى الإيمان ، يكشف هذا الجزء وللمرة الأول عن حقيقة ضغوط الجماعات الصهوينية علي جريدة الأهرام لوقف مقالات الدكتور محمود و وكيف وصلت الضغوط إلي حد مخاطبة أسامه الباز سكرتير رئيس الجمهورية للمعلومات للأهرام بهذا الصدد ، يتناول أيضاً مقالات مصطفي محمود في قضية الشفاعة والتي كتبها في أيامه الأخيرة وأثارت عليه الكثير من ردود الفعل التي وصل بعضها لدرجة الحملات الإعلامية  ، كما يرصد هذا الجزء تجربته الفريدة في تقديم برنامجه الشهير "العلم والإيمان"، و ويستعرض هذا الجزء  المتحف الذي أسسه كنادي للعلماء ونشاطه الخيري الكبير في جمعية مسجد محمود .
 يعد هذا الفيلم هو الأضخم إنتاجياً في مجال السينما الوثائقية في العالم العربي لعام 2010، وأنتجته لصالح الجزيرة شركة " آي فيلمز ميديا" ، و استغرق التصوير فيه ما يزيد عن 6 أشهر، لمقابلة أكبر عدد من أقارب وأصدقاء الدكتور، فضلاً عن خبراء ومفكرين قاموا بتقييم المشروع الفكري للدكتور مصطفى محمود، عارضين جانباً من وثائق وصور نادرة تكشف لأول مرة أجزاء خفية من حياة المفكر الراحل.